本中心归属航空自动化学院管理，实行主任负责制，组织结构简图如下图所示。
中心实行主任负责制。中心主任全面负责各实验室和实验教学人员的管理，组织实验教学，负责各实验室资源调配以及教师的培训、进修等。
为了更好的开展实验室建设，更新实验教学内容，提高实验教学水平，完善实验教学质量监控体系，中心成立了实验教学指导委员会，由委员会对中心的实验室建设方案、课程体系等进行咨询和专业指导。
中心实行统一管理的模式，打破过去由系独立管理实验室的情况，充分实现资源共享。统一安排实验教学，统一采购实验材料，统一管理和调配实验教学仪器设备，制定统一的实验室管理规章制度。
中心设常务副主任和副主任各1名，协助主任开展实验教学管理工作，负责实验室建设和实验课程建设。设立了1个实验教学梯队，梯队带头人通过传、帮、带的形式，主要负责年轻教师的培养。实验室设主要负责人和辅助负责人各一名，负责日常实验教学和设备管理及维护。中心主任、常务副主任、副主任、梯队带头人和实验室负责人分工明确，有机组合，协调工作。
完善了各种管理制度和各级实验技术人员岗位责任制。通过网上评教、调查问卷和与学生座谈的方式，定期征求学生对实验课和实验教师、实验技术人员的意见，为实验教学人员打分，并通报中心主任。通过主任听课和教师互相听课的方式，帮助教师提高教学水平。中心定期考评教师的出勤、履行职责情况，并将考评结果和学生评教结果汇总，并同教师的职务评聘、评优和年终奖金挂钩。
