为保证中心的正常运行，以中国民航大学相关管理规章制度为依据，先后制定出台了《空管虚拟仿真实验教学中心开放实验室管理办法》、《空管虚拟仿真实验教学中心人员管理制度》、《空管虚拟仿真实验教学中心仪器设备管理制度》、《空管虚拟仿真实验教学中心网络设备运行、维护、更新和管理规范》等相关管理制度，有效保证了中心各项实验教学的开展。

中心采用信息化的方法进行实践教学管理和设施设备管理。在校园网内，利用办公自动化系统、教务管理系统以及虚拟仿真实验教学平台实施实践教学运行管理、学生选课、成绩管理、课程安排及信息发布。通过中心局域网，实现学生自主学习资源共享、考试题库管理、设施设备基本信息及运行情况监控。

中心配置了专职设备管理员和维修维护人员，负责仪器设备的集中管理、统一调配，以及设备的维修、验收、注册、调剂、报废等工作。每个实验室都指定了实验室责任人，每年制定设备维护保养计划，定期组织人员进行设备的维护保养，设备完好率始终保持在100%。

中心的运行维护经费是中国民航大学实验室维修经费中的固定预算。设备维护维修经费有保障。